L'entreprise familiale existe depuis 1935. Elle a été fondée par la famille Shapira en tant que branche de la distillerie Heaven Hill Springs. Aujourd'hui encore, les propriétaires s'en tiennent aux mêmes méthodes de production qu'il y a environ 80 ans.
En 1996, les entrepôts de la distillerie sont touchés par un incendie dévastateur. Sept des 44 maisons au total ont brûlé. La distillerie de la commune voisine a également été victime des flammes. Jusqu'en 2000, la distillerie Heaven Hill Bernheim a reçu le soutien matériel des distilleries Brown-Forman et Jim Beam.
Après quatre ans, la distillerie Bernheim passa à Heaven Hill. Le nouveau nom Heaven Hill Bernheim Distillery est finalement né de cet achat.